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La plateforme d’Histo-Pathologie expérimentale

La plateforme d'Histo-Pathologie expérimentale est le dernier né des plateaux techniques du département de biologie du cancer.  

La plateforme d’Histo-Pathologie expérimentale est une unité de support dédiée à tous les projets de recherche (recherche fondamentale ou projets de recherche appliquée à la clinique) intégrant une dimension histologique. A ce titre, il s’agit d’une unité de d’expertise en histologie, transversale entre l’hôpital (IPC) et le Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM). D’où la terminologie de plateforme ICEP, pour « IPC/CRCM Experimental Pathology ».


En amont du diagnostic

Dans le processus de développement de nouvelles thérapies, l’équipe d’Histo-Pathologie expérimentale ICEP, co-dirigée par le Pr. Emmanuelle Charafe-Jauffret et le Dr. Michel Aurrand-Lions, intervient en amont du diagnostic, sur la découverte ou la validation de nouveaux biomarqueurs. La validation de biomarqueurs sur des coupes tissulaires de tumeurs est en effet désormais incontournable dans la prédiction de réponse à une thérapeutique donnée, le suivi ou l’évaluation pronostique des tumeurs.

La problématique d'ICEP est de pouvoir explorer et valider ces biomarqueurs, en amont d’une utilisation « clinique » au lit du patient. A ce titre, la plateforme collabore avec le Département de Recherche Clinique et d’Innovation (DRCI) pour proposer au patient des thérapies innovantes intégrant les particularités histologiques, cellulaires et moléculaires propres à sa tumeur.

ICEP est également partenaire du projet porté par MI-mAbs, jeune plateforme Marseillaise dédiée à la validation de cibles nouvelles pour le développement d’anticorps monoclonaux utilisés en cancérologie et en inflammation. MI-mAbs est un « démonstrateur industriel » financé par le programme Investissement d’Avenir. ICEP est équipée pour réaliser l’ensemble du processus nécessaire à la validation des cibles proposées par la plateforme MI-mAbs, incluant la réalisation de « Tissue Microarrays » et l’analyse quantitative in situ des biomarqueurs testés.

La problématique d'ICEP est de pouvoir explorer et valider ces biomarqueurs, en amont à la fois d’une utilisation « clinique » quotidienne au lit du patient, mais également en amont d’une potentielle exploitation industrielle.


Le développement de tests multigéniques

Tout récemment, la plateforme s’est dotée d’un appareil permettant de réaliser sur des tissus fixés (blocs de paraffine) des approches moléculaires multiparamétriques telles que des signatures multigéniques. Cette approche s’inscrit dans une démarche  de classification plus fine de la tumeur et une évaluation du risque de récidive : chaque profil et classe moléculaire correspond à un score qui reflète un pronostic et un risque de récidive différent.

En découle donc, avec l’équipe médicale, une décision spécifique de chimiothérapie ou pas, adaptée à chaque situation clinico-moléculaire selon la signature obtenue. C’est un exemple d’application de ce que l’on appelle « la médecine personnalisée », où le traitement est choisi en fonction des particularités individuelles propres à chaque patient.

La technologie peut aussi s’appliquer au domaine de la recherche. En effet, le « digital ncounter » (NanoString Technologies Europe) permet de quantifier les molécules ARN ou ADN présentes dans un échantillon. Chaque cible étant identifiée de façon unique par un code-barres fluorescent, le système permet de quantifier de façon très sensible jusqu’à 800 cibles par échantillon.

Cette technologie peut concerner divers types de prélèvements, dont des tissus fixés et inclus en paraffine, mais aussi des tissus congelés, des acides nucléiques purifiés, des extraits cellulaires, des cellules vivantes, des cellules triées par cytométrie de flux ou microdisséquées à l’aide d’un laser, des « single-cells ».

Ses domaines d'application sont vastes et couvrent l'analyse de l’expression, mais aussi l'immuno-précipitation de la chromatine, les micro-ARNs, l’ADN, les protéines... Le « digital ncounter » permet plusieurs types d’études réalisables en recherche, en utilisant de très faibles quantités de cellules.

 

 

 

Equipe de la plateforme d’Histo-Pathologie expérimentale

  •   Emilie Agavnian-Couquiau
  •   Michel Aurrand-Lions, Responsable équipe
  •   Christine Lavezzi-Maroc
  •   Emmanuelle Charafe-Jauffret, Responsable équipe
  •   Anne Farina
  •   Patricia Parc
  •   Marion Rubis