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Une plateforme de services pour accélérer la découverte de nouvelles molécules bioactives

L’outil informatique apporte aujourd’hui une aide précieuse pour mieux comprendre les processus biologiques intervenant au niveau moléculaire, puis mettre rapidement en évidence de nouvelles approches susceptibles d’interagir avec ces différents processus.

Les outils informatiques mis à la disposition des équipes de recherche de l’Institut Paoli-Calmettes (IPC) et du Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), mais aussi de laboratoires académiques ou industriels, par la plateforme de services INT-3D, répondent aux besoins grandissants de :

  • Modélisation moléculaire (modèles 3D, mutagénèse virtuelle),
  • Criblages pharmacologiques virtuels à partir de chimiothèques (2D et 3D).

 

Conception moléculaire assistée par ordinateur

Lorsque la modélisation démontre qu’une mutation préalablement identifiée à un endroit précis d’une cible cellulaire (protéine) a un lien avec la cancérogénèse, il convient de sélectionner des molécules susceptibles de combattre cette mutation, c’est-à-dire d’interagir avec la fonction biologique de la protéine associée à ce gène muté.

Le criblage virtuel opéré à l’écran (in silico) à partir de chimiothèques permet alors de visualiser si, comparativement à la structure de la zone d’intérêt, telle ou telle « molécule – candidat médicament », positionnée « en face », présente des similarités laissant présager une possible interaction (telle une « empreinte négative »), ou non. Lorsque la réponse est positive, des tests « in vitro » peuvent être envisagés pour évaluer cette modélisation.